Prodi PAI merupakan salah satu program studi tertua di FTT IAIN Bengkulu, berdiri pada tanggal 30 Juni 1997 melalui keputusan Presiden R.I. Nomor: 11 tahun 1997 dan Keputusan Menteri Agama R.I. Nomor: E/125/1997. Latar belakang pendirian Prodi PAI adalah upaya menghasilkan tenaga calon pendidik yang tidak hanya memiliki kemampuan profesionalitas pada jenjang akademik maupun keguruan akan tetapi memiliki integritas yang mumpuni pada bidangnya sehingga dapat berkomitmen dalam memberikan pengalaman dan pengajarannya kepada para calon pendidik untukmembangun potensi nasional yang berakhlak mulia, berkompetensi serta berwawasan global. Kepemimpinan Prodi PAI telah dipimpin oleh lima ketua program studi yaitu: pertama, Dra. Nuraida, M.Ag (1997-2003); kedua, Drs. Mawardi Lubis, M.Pd (2004 - 2006); ketiga, Drs. Alfauzan Amin, M.Ag (2006-2020); keempat, Ediansyah, M.Ag (2010-2013); dan kelima, Adi Saputra, M.Pd (2014-2022), ke enam Hengki Satrisno, M.Pd.I (2022- Sekarang

Unggul Dalam Mengembangkan Sumber Daya Pendidik Pendidikan Agama Islam Yang Islami Berperadaban, Berwawasan Kebangsaan Dalam Membangun Masyarakat Yang Sholeh, Moderat, Cerdas Dan Unggul Taraf Internasional Tahun 2037

1. Melaksanakan pendidikan dan pengajaran, penelitian dan pengabdian yang berbasis mutu dalam keilmuan dan keislaman.
2. Menggalakkan pengembangan imu-ilmu kependidikan dan keguruan yang integratif.
3. Menumbuhkembangkan SDM kependidikan yang berkompetensi dan berkualitas integratif.
4. Memperluas networking kerjasama dengan lembaga-lembaga baik regional, nasional dan Asia Tenggara.
5. Memperkuat kualitas pelayanan administrasi akademik dan kemahasiswaan yang menerapkan teknologi informasi.
6. Memperkuat citra dan jati diri mahasiswa sebagai insan akademis yang berkepribadian, berorientasi keilmuan dan berketrampilan kewirausahaan.